Der er flere institutioner for videregående uddannelse placeret overalt Puerto Rico, med University of Puerto Rico er den ældste og største. Som område i USA, kan borgerne få adgang til yderligere muligheder for uddannelse.

En Doktorgrad for Filosofi, eller ph.d., kan kræve otte år eller mere at færdiggøre, samt en afhandling. I de fleste områder, er i besiddelse af en ph.d. kvalificerer indehaveren til at blive en professor i en udvalgt emne. Der er mange forskellige programmer til rådighed.